העמותה יוצרת ומפעילה תכניות פעולה לשמירת טבע ימי.  תכניות אלו הינן אמצעי להשגת שינוי במצב הסביבתי של הסביבה הימית באמצעות שילוב ותיאום פעולות מחקר, חינוך והסברה, פעילות ציבורית ופעילות מול מקבלי החלטות לקידום מטרות סביבתיות ממוקדות.

התוכניות מופעלות בטווח הזמן של 2-5 שנים ויחד עם פעולות החינוך, המחקר, תכנית הדגל הכחול ותוכניות FEE נוספות, יוצרות רצף פעולה המשפיע בטווח הקצר, הבינוני והארוך ליצירת סביבה ימית בריאה יותר.

תחומי פעילות נוספים של שמירת הטבע של בעמותה כוללים פרויקטים לניטור והפצת מידע עדכני על בתי גידול ימיים, אורגניזמים ימיים ומצבם האקולוגי והשפעות האדם על סביבה זו.

אנו פועלים לקידום המודעות לחשיבות ניהול בר קיימא של הסביבה הימית והגנה על בתי גידול הימיים והאורגניזמים המתקיימים בהם.

פעילות שמירת הטבע בעמותה נעשית תוך שיתוף פעולה ודיאלוג עם ארגונים אחרים הפועלים לשמירת הסביבה הימית.